En su concepción actual, el Museo de Aquitania fue oficialmente creado en 1962 a iniciativa del museólogo Georges Henri Rivière que había sido responsable de la reorganización de museos de historia, arqueología y etnología después de la guerra.  Había propuesto organizar una red coherente de museos a escala nacional con la creación, en cada capital regional, de un museo de síntesis que dibujase la historia de la región desde los orígenes a nuestros días.  Su iniciativa estaba en ruptura con los antiguos museos locales que presentaban a menudo una historia anecdótica y fragmentaria.  Los nuevos museos debían apoyarse en la investigación científica y proponer una visión de conjunto, coherente, fundada sobre “programas multidisciplinares periódicos”.  El Museo de Aquitania es el resultado de estas concepciones, como el Museo de Normandía o el Museo de Bretaña.
En una primera etapa, el Museo de Aquitania compartió el edificio del Museo de Bellas Artes, donde ocupaba el ala norte.  En los años 70, se decidió instalar el Museo de Aquitania en el Paseo Pasteur, en el antiguo edificio de la Facultad de Ciencias y Letras de Burdeos, construido a finales del siglo XIX por Pierre-Charles Durand, arquitecto de la ciudad, emplazamiento del convento de Feuillants, donde Michel de Montaigne fue enterrado en 1592.
Una ambiciosa política de adquisición fue llevada a cabo en paralelo a los trabajos de renovación del edificio que tuvieron lugar de 1982 a 1986 y el nuevo museo abrió sus puertas al público en 1987.
Su creación dio lugar a la unión de un gran número de colecciones y de diversos museos dispersos en la ciudad que conocieron una historia compleja.

La larga historia de las colecciones bordelesas

Si la mayoría de las ciudades de Francia crearon museos en el siglo XIX, como consecuencia de grandes proyectos revolucionarios, Burdeos tiene la particularidad de haber reunido colecciones desde hace mucho tiempo.  En efecto, se considera que la historia de los museos de la ciudad empieza en 1594 con la exposición de un altar romano de mármol en el Ayuntamiento, dedicado a Augusto y al genio de la  ciudad de Bituriges Vivisques, asociado a tres estatuas imperiales que los humanistas de la ciudad decidieron conservar.
Pero es verdaderamente en 1781 que se fundó un primer “museum” a iniciativa del intendente Dupré de Saint-Maur y organizado por la Academia de Inscripciones y Bellas Letras de Burdeos.  Este museo estaba formado principalmente por monumentos y objetos descubiertos durante los grandes trabajos urbanísticos del siglo XVIII.
En 1810, lo que se llama “museo de la ciudad” reagrupa la biblioteca, el gabinete de Historia Natural, el Depósito de Antigüedades, el Observatorio, la Galería de Arte, la Escuela de Dibujo y de Pintura.
En 1853, se creó un museo distinto, el “Museo de Armas”, rápidamente llamado “Museo de Armas y de Antiguos Objetos”, ya que reúne colecciones municipales de cerámicas, esculturas, esmaltes, orfebrería, muebles, cerrajería y de diversos otros objetos.  Según el catálogo publicado en 1860 por su conservador, contiene 1.200 piezas aproximadamente.
A lo largo del siglo XIX, el “Depósito de Antigüedades” y el “Museo de Armas y Antiguos Objetos” seguirán enriqueciéndose por medio de adquisiciones, pero también gracias a generosos coleccionistas.  Así, en 1854, Alcide Cayrou realiza una donación de 180 tipos de armas de las islas de la Sociedad (principal archipiélago de la Polinesia Francesa).  Más tarde, en 1863, el legado excepcional del doctor Godard completó el “Depósito de Antigüedades” con una colección egipcia de cerca de 800 piezas.  Este mismo año, el número de piezas del Museo de Armas y de Antiguos Objetos y del Museo de Antiguos se eleva ya a 3.200.
A finales de los años de 1860, el Ayuntamiento, consciente de que la colección lapidaria se convirtió en una de las más ricas y de las más interesantes de Francia intentó organizar un verdadero museo y convertir en accesibles los más remarcables, dispersos entre diversos lugares.  En marzo de 1870, un local especial se destinó oficialmente a sede del “Museo Lapidario”.
El incremento de colecciones municipales permitió la creación, en 1871, de un “Museo Prehistórico”, situado en el Jardín Público junto al Museo de Historia Natural, ya instalado desde hace una decena de años.  Jean-Baptiste Gassies, que lo dirige, se aplica a fomentar los dones de marineros y de armadores bordeleses y empieza una verdadera colección etnográfica.
El 20 de mayo de 1901, en una de las grandes terrazas del Jardín Público, se inauguró el Museo del Instituto Colonial de Burdeos que exponía, además de productos salidos de las colonias, objetos etnográficos importados de los mismos parajes.

Paralelamente al desarrollo de museos municipales, se constituyen colecciones particulares, a veces excepcionales, que dan lugar al nacimiento de verdaderos museos privados.  Por ejemplo, el Museo Bonie que, desde 1856, reagrupa en Burdeos objetos antiguos de todo tipo y de todos los países, recogidos por Edouard Bonie en el curso de sus numerosos viajes a través del mundo.  En 1894, este último lega su colección y el palacete que la albergaba al Ayuntamiento.  En el palacete había construido “un ahumadero árabe y un patio oriental”.
Preocupados por el estudio y por la preservación del patrimonio local, numerosas personalidades bordelesas se reagrupan en el seno de la Sociedad Arqueológica fundada en 1873 por Pierre Sansas.  Al no concretarse su solicitud de creación de un museo arqueológico digno de este nombre, la Sociedad Arqueológica decide abrir su propio museo, el Museo del Viejo Burdeos, en 1908, en la Puerta Cailhau.  En un primer momento, las donaciones de sus miembros, reemplazadas rápidamente por las donaciones de bordeleses, representan la base de las colecciones.

A principios del siglo XX, el Museo de Armas y Antiguos Objetos así como una parte de las colecciones del Museo de Antigüedades se exhiben en un nuevo lugar, en la periferia de la ciudad, en la finca Carreire.  En 1923, se decide crear un Museo de Arte Antiguo, en el palacete Lalande, en el centro de Burdeos, a partir de colecciones del Museo Carreire.
Durante la Segunda Guerra Mundial, la mayoría de museos se cerraron hasta principios de los años 50.  En efecto, después de la guerra se realizó un inventario del conjunto de colecciones de la ciudad y se realizó una reorganización de museos.  El Museo de Arte Antiguo se transformó en Museo de Artes Decorativas de la Edad Media a finales del siglo XVIII.  El Museo Carreire, que contenía aún en particular la colección egipcia, las armas, “el folklore”, las maquetas de navíos, ciertas colecciones etnográficas, fue desclasificado y trasladado, y sus colecciones integradas en parte al nuevo Museo Arqueológico, constituido a partir de colecciones del “Museo Lapidario”.

Este reajuste de las colecciones de todos los museos de la ciudad y la reflexión consiguiente dio lugar al reagrupamiento de una parte de las colecciones en el seno del nuevo Museo de Aquitania, dirigido por Louis Valensi.  A finales de los años 70, las colecciones del Museo de la Marina, creado en 1952, y las de la Sociedad Arqueológica de Burdeos fueron depositadas en el Museo de Aquitania.

El Museo de Aquitania en la actualidad

Por el carácter prestigioso de las colecciones reunidas, el Museo de Aquitania se convirtió en una referencia patrimonial en Francia.  Por su diversidad que va de la arqueología o de la etnología regional hasta las civilizaciones extraeuropeas, es también un museo enciclopédico como lo pone de manifiesto la gran diversidad de sus exposiciones temporales. 

En 2009, el museo emprendió la renovación de sus espacios permanentes empezando por el siglo XVIII.  Estas nuevas salas otorgan un gran espacio a los intercambios atlánticos, a la cuestión de la trata de negros y a la esclavitud de acuerdo con el nuevo proyecto científico y cultural que desarrolla la historia de las relaciones que Burdeos ha mantenido con el resto del mundo a lo largo de las distintas épocas. 

En la actualidad, el museo se define a la vez como un “museo de patrimonio” que presenta colecciones de un gran interés y como un “museo de civilización” que cuestiona al pasado para responder a las preguntas contemporáneas.  Es a la vez un centro de referencia para la ciudad y la región en el plano histórico y cultural y un lugar de apertura al mundo.